Hai năm rưỡi sau các sự kiện của Bravely Default,[11][12] Agnès Oblige được bầu làm Pope của Crystal Orthodoxy. Cô và Grand Marshal Braev Lee của Duchy of Eternia tìm cách chấm dứt sự thù địch giữa các nhóm của họ với một hiệp ước hòa bình chính thức tại thành phố Gathelatio. Buổi lễ bị gián đoạn bởi Kaiser Oblivion, thủ lĩnh của Glanz Empire, và người bạn đồng hành của mình, Anne, cả hai bắt cóc Agnès và giam giữ cô trong pháo đài Skyhold. Yew Geneolgia, thủ lĩnh của những người bảo vệ Crystal của Agnès, tỉnh dậy 1 tuần sau vụ tấn công và bắt đầu lên kế hoạch giải cứu cô, cùng với các thủ lĩnh Crystalguard là Janne Engarde và Nikolai Nikolanikov.

Tuy nhiên, hóa ra 2 kẻ này là gián điệp của Empire. Agnès hướng dẫn cả nhóm qua một mảnh vỡ pha lê mà cô đã cố tình để lại khi bị bắt cóc, Yew triệu tập ba người bạn đồng hành: Công tước xứ Eternian, Edea Lee, con gái của Braev, người đã giúp đỡ Agnès trong cuộc phiêu lưu đầu tiên.[13] Magnolia Arch đến từ mặt trăng là người sống sót duy nhất sau cuộc tàn sát nhắm vào ngôi làng thuộc chủng tộc Ba’al của cô, cô sở hữu một chiếc đồng hồ cát có khả năng xoay chuyển thời gian, và Tiz Arrior, một đồng đội cũ của Agnès và Edea, bị hôn mê trong suốt thời gian qua. Nhóm không thể ngăn Kaiser trốn thoát khỏi Skyhold.

Dưới sự hướng dẫn của cả Agnès và một "người đàn ông với cây bút màu tím" bí ẩn, cả nhóm theo đuổi Skyhold trên khắp thế giới. Trong chuyến đi của họ, Kaiser lấy được một la bàn không gian và thời gian. Cả nhóm cũng biết về Sword of the Brave, một thanh kiếm bị nguyền rủa đã lấy mất cánh tay phải của Denys, anh cùng cha khác mẹ với Yew, sau khi anh ta cố gắng thu phục nó; bị tước mất mọi quyền lực và biến mất ngay sau đó. Tại Fire Temple ở Eisenberg, sau cuộc gặp gỡ của họ với Kyubi bí ẩn, Fire Crystal đã bị quá tải và Kaiser đang triệu hồi Holy Pillar.

Cả nhóm vội vã đến Florem để ngăn Empire tại Water Crystal, nơi người đàn ông với chiếc bút màu tím tiết lộ mình chính là Celestial Being tên là Altair, người đã ếm Tiz kể từ khi anh xém chết tại Great Chasm hai năm trước. Trong khi đó, Kaiser ép Agnès xóa chiếc khiên xung quanh Water Crystal và dồn năng lượng cho nó để triệu hồi Holy Pillar. Cả nhóm tấn công Skyhold, giết chết Janne và Nikolai, cả hai tiết lộ quá chán ghét sự suy đồi của Orthodoxy những năm qua. Kaiser tận dụng khoảng thời gian đó để sử dụng la bàn quay ngược thời gian, đem theo Agnès, nhưng Anne đã hủy la bàn để gửi cả hai đến tương lai xa xôi khi cô sử dụng sức mạnh của Holy Pillar để tiêu diệt Moon. Cả nhóm đánh bại Anne trong trận chiến, nhưng sự hủy diệt của Moon cũng chấm dứt dòng chảy thời gian và đẩy thế giới vào trạng thái diệt vong tất yếu.

Cả nhóm sử dụng đồng hồ cát của Magnolia để quay ngược thời gian lại buổi lễ hòa bình và ngăn chặn Kaiser bắt cóc Agnès, vô tình biết được danh tính thực sự của người anh trai đã mất tích của Yew, Denys. Denys trốn thoát với sự trợ giúp của Janne và Nikolai, nhưng nhóm sử dụng ký ức của họ về khoảng thời gian trước đó để ngăn chặn kế hoạch của Denys, trong khi thuyết phục 2 thuộc hạ không nên hi sinh vô ích. Yew dồn Denys đến hầm mộ Geneolgia, nhận ra ý định của anh trai mình khi sử dụng la bàn là nhằm đi ngược thời gian hòng giết tổ tiên của họ, để phủ nhận những sai phạm gây ra bởi dòng dõi này. Yew đánh bại Denys, sau đó Agnès và Braev thuyết phục anh hãy chấp nhận những sai lầm của mình và tạo ra một thế giới hòa bình. Tuy nhiên, Anne ép một Vestling kích hoạt Holy Pillar để tiêu diệt Moon 1 lần nữa trước khi Denys phá hủy chiếc trâm của cô. Anne đáp lại bằng cách thức tỉnh Diamante, tên Ba'al đã tàn sát quê hương của Magnolia và giấu mình là Skyhold, để tiêu diệt cả nhóm. Denys chấp nhận hy sinh khi sử dụng la bàn để gửi chính mình và Diamante vào không gian vô tận.

Cả nhóm thức tỉnh ở Caldisla, khi Kyubi đã bỏ đi, và đối đầu với Anne khi cô cố gắng sử dụng Great Chasm của Norende để triệu hồi Ba'als trực tiếp tới Luxendarc. Cô tiết lộ cô chính là chị gái của Tiz và là kẻ thù cũ của Edea, Airy; cô thao túng chúng để đánh bại Airy khi "đấng tối cao" Ouroboros đe dọa chủ nhân Providence của cô, "đấng tối cao" tự nhận của Celestial Realm. Anne giải thích rằng Providence đã tạo ra Ba'als bằng cách sử dụng ký ức về người yêu của Altair là Vega. Sau khi giết Anne, cả nhóm tiến vào Celestial Realm và giải thoát Vega khỏi sự kiểm soát của Providence. Sau khi Altair và Vega ra đi bình an, nhóm bị tấn công bởi Providence, hắn phá vỡ chiều không gian thứ tư và cố gắng xóa save của người chơi. Cả nhóm ngăn chặn Providence và tiêu diệt hắn..

Khi nhóm trở về Luxendarc, Tiz được tiết lộ sẽ bị chết một lần nữa vì linh hồn của Altair đã rời bỏ anh ta. Một Adventurer bí ẩn, người từng viện trợ cho Tiz sau khi Norende bị hủy diệt, xuất hiện cầm theo chiếc đồng hồ cát của Magnolia, kịp thời để đưa cho Tiz, đẩy tất cả quay về lúc bắt đầu cuộc phiêu lưu đầu tiên của mình. Adventurer tiết lộ mình là đồng nghiệp của Altair tên là Deneb, nay trở về và thông báo cho nhóm rằng chiếc đồng hồ cát, cùng với hai năm rưỡi hy vọng và ước mơ, sẽ có thể làm lại cuộc đời của anh. Agnès, với chiếc đồng hồ cát trong tay, mang nó đến bữa tiệc và hồi sinh Tiz. Trong phần kết của trò chơi, Agnès từ nhiệm, với tư cách là Pope, định cư tại Norende với Tiz, trong khi Edea thăng chức thành tân Grand Marshall giữ hòa bình cho Eternia và Orthodoxy. Magnolia quyết định ở lại Luxendarc với Yew, tình yêu của đời cô. Trong một cắt cảnh cuối, đồng đội cũ của Tiz và Edea, Ringabel được tiết lộ đã trở thành một đặc vụ của lực lượng cảnh sát liên bang gọi là Planeswardens. Anh xác nhận với Planeswardens rằng Sword of the Brave thực sự tồn tại.